Durante el siglo XIX, la Academia de San Carlos vivió altibajos debido a la inestabilidad del país. La emancipación de España eliminó el sustento de la Corona, lo que puso en una situación precaria a la institución, cerrando sus instalaciones entre 1821 y 1824. En el gobierno santaannista se le otorgó la administración de los fondos de la Lotería Nacional; gracias a esto se reorganizó la planta docente, se remodeló su sede y se construyeron las galerías. Para inicios del siglo XX, la ahora Escuela Nacional de Bellas Artes fue apoyada por el régimen porfirista con la ampliación de sus colecciones y la comisión de sus arquitectos en proyectos urbanísticos.