La colección bibliográfica de San Carlos es digna de apreciación. Jerónimo Antonio Gil trajo consigo ejemplares únicos de libros de dibujo, grabado, historia del arte y diseño que asentaron la docencia académica e introdujeron nuevas visiones en el trazo y el quehacer artístico en la Nueva España. La oferta bibliográfica de la academia cumplía con las áreas de estudio de la institución y dotó a la pintura, la escultura, el grabado y a la arquitectura de libros importantes para la enseñanza de esas nobles artes. 

En 1791 llegó, junto con otros materiales importantes para la docencia, una importante dotación de libros. Estos ejemplares aportaron nuevas perspectivas en el diseño, en el estudio de anatomías y en las  proyecciones y proporciones en los soportes de creación. Destacan títulos como los libros de Architterura de Sebastiano Serlio; Los Diálogos de Pintura de Vicente Carducho y El Museo pictórico de Palomino de Castro y Velasco. A éstos se suma la presencia de destacados artistas como Francisco Pacheco y su obra titulada Arte de la pintura y los libros de Arquitectura de Vitruvio. 

El diseño y el nuevo buen arte del neoclásico fue introducido a los alumnos novohispanos a través de los tratadistas como La antichitá romane de Giovanni Battista Piranesi; L´idea della architettura universale eduisa… de Vicenzo Scamozzi; Le due regole della prospettiva practica  de Giacomo Barozzi Vignola, entre otros. Destaca la presencia de dos libros de gran valor estético e históricos: el primero, un tomo de la Accademia Ercolanese di Archeologia con grabados de las obras rescatadas en Pompeya, Herculano y Estabia. Este tomo fue resultado de las empresas arqueológicas impulsadas por Carlos I de Nápoles y del Reino de las Dos Sicilias, quien años después sería Carlos III de España. 

El libro de Proporciones del cuerpo humano. Medidas por las más bellas estatuas de la Antigüedad de Gerad Audran fue un referente importante en el estudio del cuerpo, de las  proporciones y del dibujo. Dotó a los alumnos de análisis de perspectiva, movimiento corporal en un plano e introdujo el uso de las esculturas como modelo ideal de belleza que promovía el neoclásico.  Estos libros abordan la perspectiva, la traza y las proporciones, conceptos básicos en el diseño.

La colección de libros de la academia fue fructífera desde finales del siglo XVIII hasta principios del siglo XX. Su volumen y conservación determinaron su dispersión en el siglo pasado y el material fue repartido  entre la Facultad de Arquitectura, la Biblioteca Nacional y la Facultad de Artes y Diseño. Los fondos antiguos de San Carlos son testimonios de esa grandeza académica promovida por Gil y sus sucesores; los libros que aún se conservan son promotores de ese diseño neoclásico que germinó en tierras novohispanas.